会议对2006年双方建立部省会商工作关系以来取得的合作成效予以充分肯定，就2008年共同推动的事项进行了会商，并就进一步共同推进海峡西岸经济区科技发展达成共识。一是共同推进海峡两岸科技交流合作平台建设，重点支持组建海西工业技术研究院和举办“中国•海峡项目成果交易会”；二是共同推进海峡西岸经济区科技创新平台建设，促进国家重大科技成果转化和产业化项目落地福建；三是共同推进海峡西岸经济区重点产业的技术升级；四是共同推进海峡西岸经济区星火产业带建设，推动闽台农业科技交流与合作，促进县域经济发展；五是共同推进海峡西岸经济区社会发展领域的科技进步，推动中药、生物医药研发及产业化和节能减排、清洁生产技术的示范推广。
黄小晶在讲话中表示，切实加强自主创新，努力建设创新型省份，对于全面推进海峡西岸经济区建设具有决定性意义。福建省将以部省会商为契机，组织动员全省力量，大力提升自主创新能力，支撑引领海峡西岸经济社会和谐发展，在服务全国发展大局中做出更大贡献。
万钢强调指出，福建省在落实自主创新战略、推进创新型省份建设方面的工作卓有成效，创造了许多独具特色的新经验，为全国科技工作提供了重要借鉴。党的十七大报告把提高自主创新能力、建设创新型国家作为国家发展战略的核心和提高综合国力的关键，我们要充分利用科技发展的重要战略机遇期，加强部省密切合作，共同推进创新型国家建设和海峡西岸经济社会发展，让部省合作结出更加丰硕的果实。
会议认为，科技部和福建省政府深化合作、集成中央与地方科技资源，致力以科技进步推进海峡西岸经济社会发展，是深入贯彻党的十七大精神、促进实现祖国统一大业的重大举措，也是深入贯彻全国科技大会精神、推进创新型国家建设的务实之举。
